人是物质和精神的聚合体，是肉体和灵魂缺一不可的生物。现实生活中的，精神世界产生紊乱的人往往会成为一种累赘和负担，无法进行正常沟通，异想天开，做怪异的事情都让他们和常人不一般。当两个相同精神思想的人物碰撞后，又会迸发出怎样的火花？
《邦尼和琼》讲述两个有着相似精神世界的年轻人的故事。邦尼在汽车修理厂进行工作。家庭里只有他和妹妹琼相依为命，但妹妹是个智障，这也让他非常担忧，于是他总是会帮妹妹找护工来帮助她能够好好生活下去。为了照顾妹妹，他一直单身，并且不愿意将妹妹送去特殊人群疗养院。
当邦尼和琼像往常一般和朋友们一起赌牌的时候，他们遇到朋友的远方亲戚萨姆。萨姆有着奇怪的表现，在吃饭的时候会用叉子将两块面包玩弄于手中，这也让琼对这个不速之客感到非常强烈的兴趣。邦尼带萨姆回家，而在工作的时候便让他照顾好妹妹。两个人在慢慢的交往之中慢慢地产生懵懂的恋情。萨姆对于默剧表演有特殊的天赋，在公园中的表演吸引了过路人的兴趣，而邦尼也对这个年轻人非常有好感。
而在三个人的故事中，邦尼也遇到自己的心上人路西，但出于对妹妹的责任他委婉却又不情愿地拒绝路西的请求。当邦尼知道琼和萨姆发生关系之后，他一气之下将萨姆赶出家门。但此时两个年轻人之间的感情已经无法抵挡，萨姆决定带着琼出走。但当两个人上了公交之后，琼变得非常紧张，并且开始表现出被逼无奈的状态，而此时萨姆也被吓坏了，打电话叫警察控制住琼，此时邦尼刚好路过，他冲上去将琼救下来，但这一切都已经为时已晚。在心理医生的一番说教下，邦尼妥协了，他同意妹妹和萨姆之间的交往，而他和苏西之间的关系也因此可以更进一步。
电影讲述两个特殊年轻人之间的心灵感应，看似不可能相遇的两个人却成为最亲密的人，他们有着常人无法猜测的精神世界，但只要两个人在一起，便是最好的状态。邦尼对于妹妹的责任让他难以接近，但在萨姆的带动下，他开始改变自己，也开始接受异性的邀请，这样的兄妹关系才是所有观众想要看到的。